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高温烧菌培养室温度太高，杂菌易生长；发菌期菌袋内温度升至32弋以上，没及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉等杂菌严重感染。培菌时有两个升温关键期，一是菌种萌发覆盖料面后的迅速生长期；二是早春气温迅速升高。高温烧菌后，病害症状没及时表现出来，但由于灵芝菌丝受损严重，芝棒割袋下地后，病害很快爆发。芝棒菌丝体成熟度不足灵芝菌丝体成熟度不足，菌丝体抗性弱，芝棒下地、菌袋剪口后仍易感染杂菌。阳光暴晒菌袋菌袋覆土后，日照强烈，迅速升温，芝棚遮阳度小（甚至没有遮阳），致使菌袋菌丝体被太阳暴晒受损后感染杂菌。芝棒下地后灌水由于是不完全脱袋栽培，芝棒下地后灌水，菌木表面及菌袋内的水份不能很快从袋内蒸发出来，过高的土壤水份会切断段木菌丝的氧气供给，致使芝棒呼吸不畅窒息死亡后感染杂菌。防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。
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段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
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采收加工当菌盖四周白色生长圈消失，整个菌盖呈红褐色，出现咖啡色粉末状孢子时，即可摘下子实体。一般从接种至米收约需50~60d，米后置竹帘上晒干，也可低温烘干。若要收孢子粉可以采用套袋法或架子闭封法收集，然后再摘取子实体。灵芝以其独有的医学特性、保健特性，广受市场热宠。灵芝种植技术在汉中不断探索、研究、改进，总结出了适合本地种植的技术，尤其是将穴空接种改为断面接种，较大的提高了工作效率、减少了用工、节省了支出，同时采取断面接种方法，菌丝萌发集中快速，成功率高，可在灵芝生产采收加工当菌盖四周白色生长圈消失，整个菌盖呈红褐色，出现咖啡色粉末状孢子时，即可摘下子实体。一般从接种至米收约需50~60d，米后置竹帘上晒干，也可低温烘干。若要收孢子粉可以采用套袋法或架子闭封法收集，然后再摘取子实体。灵芝以其独有的医学特性、保健特性，广受市场热宠。灵芝种植技术在汉中不断探索、研究、改进，总结出了适合本地种植的技术，尤其是将穴空接种改为断面接种，较大的提高了工作效率、减少了用工、节省了支出，同时采取断面接种方法，菌丝萌发集中快速，成功率高，可在灵芝生产基地应用。灵芝菌种植以周期短、见效快、收入稳而在汉中迅速发展，现将近年来的种植技术归纳如下：准备工作椴木选伐基地应用。
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